Sesuai dengan Peraturan bersama antara Menteri Pendidikan Nasional dan Menteri Agama nomor : 04NI/PB/2011 dan Nomor : MA/111/2011 pada Pasal 14 dinyatakan bahwa :
- Perpindahan peserta didik baru antar sekolah/antar madrasah dalam satu kabupaten/kota, antar kabupaten/kota dalam satu provinsi, atau antar provinsi, dilaksanakan atas dasar persetujuan kepala sekolah/madrasah asal dan kepala sekolah/madrasah yang dituju dan dilaporkan kepada kepala dinas pendidikan kabupaten/kota/provinsi/kantor kementerian agama/kantor wilayah kementerian agama sesuai kewenangannya.
- Perpindahan peserta didik baru dari sekolah/madrasah Indonesia di luar negeri dilaksanakan atas dasar persetujuan kepala sekolah/madrasah asal dan kepala sekolah/madrasah yang dituju dan dilaporkan kepala dinas kabupaten/kota/ provinsii/kantor kementerian agama/kantor wilayah kementerian agama sesuai dengan kewenangannya. (khusus di madrasah mendapat persetujuan Direktur Jenderal Pendidikan Islam).
- Perpindahan peserta didik baru dari satuan pendidikan asing ke satuan pendidikan nasional, dapat dilakukan setelah mendapat persetujuan Direktur Jenderal Pendidikan Dasar atau Direktur Jenderal Pendidikan Menengah atau Direktur Jenderal Pendidikan Agama Islam sesuai dengan kewenangannya
1. Mutasi/Perpindahan antar Madrasah/Sekolah dalam wilayah Kabupaten/Kota. Persyaratan yang diperlukan :
- Surat Keterangan pindah dari Kepala Madrasah mengetahui Pengawas.
- Surat Rekomendasi dari Kepala Kantor Kementerian Agama/ Dinas Pendidikan Setempat.
- Foto copy Buku Raport (wajib dilampirkan).
- Nomor lnduk Siswa Nasional (NISN) bagi madrasah juga melampirkan Nomor lnduk Siswa Madrasah (NISM) Jika telah di update.
- Surat Permohonan Orang Tua untuk mutasi anaknya.
- Surat Keterangan Formasi kelas dan kesediaan menerima dari Madrasah/Sekolah tujuan.
- Kesamaan Status Akreditasi sekolah/madrasah atau berdasarkan persetujuan madrasah/sekolah penerima.